肛门直肠闭锁最有价值的检查手段是MRI。MRI能准确诊断肛门直肠畸形、瘘管、脊髓和泌尿生殖道畸形的分类，通常可以从图像中找到评价横纹肌复合体的定量指标，并研究其与排便功能的关系，对指导临床治疗具有重要意义。此外，腹部X线检查具有方便、经济的优点，B超检查具有无损伤、无限制、不受体位以及时间影响等优点。

小于1周岁的儿童十二指肠闭锁可以选择开腹手术。开腹手术刀口比较大，并且位置比较深，小小于1周岁的儿童腹腔小，手术难度比较大。目前有了微创腔镜技术，可以用微创腔镜，可以成功的完成十二指肠闭锁的手术。