生理性卵巢囊肿通常不会影响排卵。这是因为生理性卵巢囊肿是由于卵巢在月经周期中正常分泌激素导致的，与卵泡的发育和排卵过程无关。而排卵是由于下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能调节，与卵巢囊肿的形成没有直接关系。因此，生理性卵巢囊肿的患者通常可以正常排卵，不影响生育能力。